يتعاون مستشفى كاريتاس للأطفال مع وزارة الصحة الفلسطينية على مختلف المستويات الإدارية والطبية. وكجزء لا يتجزأ من نظام الرعاية الصحية الفلسطيني، يلتزم المستشفى بقوانين وإجراءات وزارة الصحة الفلسطينية. يشمل التعاون بين وزارة الصحة والمستشفى توفير خدمات طبية للإحالات عن طريق المستشفيات التابعة لوزارة الصحة، بينما تعمل الأخيرة على تسهيل عملية إحالة المرضى الذين يحتاجون إلى عناية ما بعد الجراحة إلى مستشفى تابع لطرف ثالث. كما يعمل الطرفين في مجالات سلامة المريض وإجراء الأبحاث الطبية وترشيد استهلاك المضادات الحيوية.
يتم اليوم اعتماد مستشفى كاريتاس للأطفال من قبل المجلس الطبي الفلسطيني كمستشفى تعليمي، حيث يوفر المستشفى فرصة للأطباء أن يتخصصوا في مجال طب الأطفال لمدة سنتين من أصل أربع سنوات وهي المدة الكلية لبرنامج الإقامة.
كما يعمل المستشفى مع وزارة التنمية الاجتماعية وشبكة حماية الطفل ومحافظة بيت لحم على تأمين خدمات صحية ونفسية اجتماعية شاملة ومتكاملة للأطفال الأقل حظاً، بالإضافة إلى التنسيق معهم بهدف حماية الأطفال والنساء المعرضين للخطر.
