يعود تاريخ تأسيس مستشفى كاريتاس للأطفال الى أحداث عام 1948، عندما نزح مئات الآلاف من الفلسطينيين من مدنهم وقراهم بعد إنشاء دولة إسرائيل وحدوث النكبة ليعيشوا في فقر مدقع في مخيمات اللاجئين.
أدى الوضع الراهن الى تحرك مؤسسات الإغاثة الدولية ومنها مؤسسة كاريتاس في سويسرا التي بعثت موظفتها هيدويغ فيتر إلى بيت لحم عام 1949. أدركت فيتر انتشار اليأس في السياق الفلسطيني فأنشأت بالتعاون مع الدكتور البيتلحمي أنطون دبدوب عيادة خارجية للأطفال أعتبرت فيما بعد حجر الأساس لمستشفى كاريتاس للأطفال. في عام 1952، أرسلت مؤسسة كاريتاس سويسرا الأب إرنست شنيدرغ، من كانتون فاليه، إلى بيت لحم لتقييم أوضاع اللاجئين الفلسطينيين. هناك التقى الأب شنيدرغ بهيدويج فيتر، وكونهما تابعين للكنيسة المسيحية شعرا بالحاجة لمد يد العون وخدمة الأفراد في مكان ولادة السيد المسيح. بعد عودته إلى أوروبا، بدأ شنيدريغ العمل في مؤسسة كاريتاس الألمانية. ومنذ ذلك الحين، قام بحملة لتأمين الدعم المالي في سويسرا وألمانيا لمستشفى كاريتاس للأطفال. في عام 1963، أسس شنيدرغ منظمة إغاثة أطفال بيت لحم غير الربحية، ومقرها لوسيرن.
في شهر نيسان 1978، افتتح مستشفى كاريتاس للأطفال مبنى المستشفى الخاص به. منذ ذلك الحين، استمر المستشفى في التطور ومواءمة خدماته مع المعايير الطبية العالمية.